શિવજીના બાર જ્યોતિર્લિંગોમાંનું એક છે મહાકાલ મંદિર. શિવ પુરાણમાં આપેલી કથાનુસાર દૂષણ નામના રાક્ષસના અત્યાચારને લીધે જ્યારે ઉજ્જૈનના લોકો ત્રસ્ત થઈ ગયા ત્યારે તેઓએ શિવની ઉપાસના કરી. આરાધનાને લીધે પ્રસન્ન થઈ શિવ જ્યોતિ સ્વરૂપે પ્રગટ થયા. રાક્ષસનો નાશ કર્યો અને ભક્તોના આગ્રહને કારણે ઉજ્જૈનમાં જ્યોતિર્લિંગ રૂપે પ્રતિષ્ઠિત થયાં. મહાકાલનું શિવલિંગ દુનિયાનું એકમાત્ર દક્ષિણામુખ શિવલિંગ છે. તંત્રની નજરે આને ખૂબ જ મહત્વપૂર્ણ માનવામાં આવ્યું છે, વર્તમાન મંદિર મરાઠાકાલિન માનવામાં આવે છે. આનો જીર્ણોદ્વાર આજથી લગભગ ૨૫૦ વર્ષ પહેલાં સિંધિયા રાજઘરાનાનાં દીવાન બાબા રામચંદ્ર શેનવીએ કરાવ્યો હતો. મહાકાલ શિવલિંગ દુનિયાનું એકમાત્ર શિવલિંગ છે જ્યાં ભસ્મ આરતી કરવામાં આવે છે.
ભસ્મ આરતીના સમયે શિવજીને ગાયનાં છાણથી બનેલ રાખથી સજાવવામાં આવે છે. પહેલા અહીં મડદાંની ભસ્મથી આરતી કરવામાં આવતી હતી પરંતુ ત્યાર બાદ અહીં ગાયના છાણની ભસ્મનો ઉપયોગ થવા લાગ્યો. અહીં સોમવારે અને શ્રાવણ મહિનામાં લાખો શ્રદ્ધાળુઓ આવે છે. શ્રાવણમાં અહીં ખાસ કરીને શ્રાવણ મહોત્સવ ઉજવવામાં આવે છે. જેમાં પંડિત જસરાજ મહારાજથી લઈને પંડિત બીરજુ મહારાજ જેવા ખ્યાતિમાન કલાકારો ભાગ લે છે. ઉજ્જૈનનો સિદ્ધવડ, પ્રયાગનો અક્ષયવડ, વૃંદાવનનો વંશીવડ, નાશિકનો પંચવડ અને ગયાનો બોધીવડ આ બધા સમાન પ્રમાણે તેમની પવિત્રતા માટે પ્રસિદ્ધ છે. ક્ષિપ્રા નદીના કિનારે સિદ્ધવડ ઘાટ પાસે અંત્યેષ્ટિ સંસ્કાર કરવામાં આવે છે. સ્કંદપુરાણમાં આ તીર્થને પ્રેત શીલા તીર્થ કહ્યું છે. એક માન્યતા પ્રમાણે પાર્વતીજીએ અહીં તપ કરેલ છે. આ નાથ સંપ્રદાયની પૂજાનું સ્થાન છે.
મધ્યકાળમાં એક વખત આ વડ વૃક્ષને કાપીને તેના પર લોખંડની તાવડા જડી દેવામાં આવ્યા હતા પરંતુ આ વૃક્ષ તે તાવડાઓને તોડીને ફરીથી ઊગી નીક્ળ્યું હતું. એક કથા અનુસાર બ્રહ્માજીએ સમગ્ર સૃષ્ટિની રચના કરી. તે સમયે પૃથ્વી પર કોઈનું મૃત્યુ થતું ન હતું, તેથી પૃથ્વી પર સતત ભાર વધવા લાગ્યો અને પૃથ્વી બ્રહ્માજી પાસે ગઈ. પૃથ્વીએ કહ્યું કે હું આટલો ભાર સહન નહીં કરી શકું ત્યારે બ્રહ્માજીએ મૃત્યુને લાલ ધ્વજ પકડેલી સ્ત્રી સ્વરૂપે ઉત્પન્ન કરી અને તેને આદેશ આપ્યો કે પ્રાણીઓને મારવાનું દાયિત્વ સંભાળ, પરંતુ મૃત્યુએ એવું કરવાની ના પાડી. તેણે કહ્યું કે હું આવું પાપ ન કરી શકું ત્યારે બ્રહ્માજીએ કહ્યું કે તારે તો માત્ર તેમના શરીરને સમાપ્ત કરવાનું છે, જીવ તો વારંવાર જન્મ લેતો રહેશે. આ સાંભળી મૃત્યુએ બ્રહ્માજીની વાત માની લીધી અને ત્યારથી પૃથ્વી પર પ્રાણીઓનાં મૃત્યુ થવા લાગ્યાં.
સમયની સાથે પૃથ્વી પર પાપ વધતાં ગયાં ત્યારે ભગવાન શંકરે બ્રહ્માજીને પૂછયું કે આ પાપને સમાપ્ત કરવા તમારી પાસે શું ઉપાય છે? પરંતુ બ્રહ્માજીએ આ વિષયમાં પોતાની અસમર્થતા દર્શાવી, જેથી ભગવાન શંકર બ્રહ્માજી પર ક્રોધિત થયા અને તે ક્રોધમાંથી જ કાળ ભૈરવની ઉત્પત્તિ થઈ. કાળ ભૈરવે બ્રહ્માજીના એ મસ્તકને પોતાના નખથી કાપી નાખ્યું, જેણે અસમર્થતા દર્શાવી હતી. તેનાથી કાળ ભૈરવને બ્રહ્મહત્યાનું પાપ લાગ્યું.
ત્યારબાદ તેઓ ત્રણે લોકોમાં ભ્રમણ કરતા રહ્યાં, પરંતુ બ્રહ્મહત્યાના પાપથી મુક્ત ન થઈ શક્યા. એવું માનવામાં આવે છે કે જ્યારે કાળ ભૈરવ કાશી પહોંચ્યા ત્યારે બ્રહ્મહત્યાના પાપમાંથી તેઓ મુક્ત થયા. તે જ સમયે આકાશવાણી થઈ કે તમે અહીં જ નિવાસ કરો અને કાશી નગરીની સુરક્ષાની જવાબદારી સંભાળો.